Aby leczenie kanałowe zakończyło się sukcesem, stomatolog musi szczelnie zamknąć system kanałowy za pomocą materiału wypełniającego. Chociaż lekarze mają do dyspozycji aż kilkaset rodzajów wypełnień, to najczęściej wybieranym materiałem jest gutaperka. Jest to naturalna żywica, pozyskiwana przede wszystkim z drzewa gutaperkowca, rosnącego na archipelagu malajskim.  W normalnych warunkach jest tworzywem nieelastycznym, jednak po podgrzaniu staje się miękka i ulega deformacji.

Zalety gutaperki to:

• nie drażni tkanek okołowierzchołkowych, stanowi materiał biozgodny, dobrze tolerowany przez organizm
• można ją łatwo wprowadzić do kanału zęba, a w razie konieczności – równie łatwo można ją usunąć
• wykazuje pewne właściwości przeciwbakteryjne i daje kontrast na zdjęciu rentgenowskim, dzięki czemu stomatolog może ocenić skuteczność przeprowadzonego wcześniej leczenia
• nie przebarwia zębów, jest stabilna objętościowo (nie kurczy się) i nie rozpuszcza pod wpływem płynów tkankowych, np. śliny

Należy jednak podkreślić, że gutaperka nie zapewnia odpowiedniej szczelności wypełniania ze względu na brak przyczepności do zębiny. Dlatego jest zawsze stosowana w parze z uszczelniaczem, który wprowadza się w przestrzeń między ćwiekiem gutaperkowym a ścianą kanału. W roli uszczelniacza (pasty uszczelniającej) stosuje się m.in.: żywicę syntetyczną, materiały silikonowe na bazie tlenku cynku.